Il Museo venne realizzato nel 1878 da San Giovanni Bosco per la scuola di Valsalice ed è uno dei musei scientifici più antichi. La raccolta zoologica che apparteneva a Gian Battista Giordano, venne donata a Don Bosco dalla sua erede e costituitì la prima parte del Museo. Questa collezione comprendeva uccelli impagliati, italiani e stranieri, e altri animali e venne aperta al pubblico nel 1879. Don Bosco si occupò anche dell'acquisto di macchine da laboratorio per sviluppare la ricerca, molte delle quali risultano ancora in uso. Il primo nucleo della raccolta venne arricchito da altre collezioni, tra cui quella entomologica del cav. Gianelli, quella di minerali di don Antonio Maria Zaccaria e quella etnografica e naturalistica che il salesiano don Tonelli raccolse in Patagonia e Terra del Fuoco a inizio Novecento. Parte delle collezioni salesiane, esposte nel Museo nel 1925, venne in seguito trasferita nel Museo etnologico e missionario di Colle Don Bosco in Castelnuovo. Successive donazioni hanno reso la raccolta quella che è oggi. Da segnalare il considerevole erbario, costituito da quarantamila schede messe insieme dai sacerdoti. Della raccolta di animali fanno parte rettili, pesci, il koala e l'ekidna australiani, pappagalli dell'America e specie appartenenti al Piemonte. Tra il materiale etnografico sono esposti una testa umana, trofeo di una popolazione dell'Ecuador, frecce e lame sudamericane. Infine troviamo i fossili esposti in una cronologia geologica a partire dalle uova dei dinosauri.

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