Il museo si caratterizza per la sua duplice realtà di sito archeologico e di sede museale. La cripta di S. Anastasio presenta diverse stratificazioni, la più antica risale all'età romana e altomedievale. Sono visibili anche tracce delle antiche chiese di S. Anastasio, parte dell'omonimo monastero femminile benedettino, di probabile fondazione longobarda (VIII sec.).
I nuclei principali comprendono capitelli in arenaria della seconda chiesa romanica di S. Anastasio (inizio XII sec.), capitelli, mensole, conci d'arco scolpiti, elementi architettonici e scultorei alto e bassomedievali, provenienti da chiese del territorio; pietre cantonali e stemmi provenienti da caseforti e palazzi signorili della città;e materiale lapideo romano del I sec. d.C.

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