Il Museo costituisce un punto di riferimento scientifico molto importante per la grande quantità e qualità di materiale che raccoglie e per l'antichità di molti pezzi. Si tratta di una raccolta iniziata a partire dalle collezioni provenienti da collezioni di ospedali cittadini in particolare i pezzi seicenteschi di Marco Aurelio Severino. Il materiale venne arricchito da acquisizioni successive che testimoniano, tra l'altro, l'evoluzione della disciplina. Il Museo propone diverse collezioni a partire dalle più di 350 cere anatomiche, gli oltre quattrocento esemplari di iniezioni vascolari, le trenta notevoli pietrificazioni realizzate da Marini, la collezione di calcoli, le calcinazioni, la raccolta di più di 500 reperti scheletrologici, la collezione didattica dei preparati in formalina e la collezione delle mostruosità animali e umane. Oltre alle raccolte di preparati, il Museo custodisce una serie di strumenti d'epoca, come microscopi ottici e il primo esemplare di micromanipolatore cellulare, tra gli altri, e una raccolta di trattatistica che comprende testi tra il Quattro e l'Ottocento.

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