La Pinacoteca è stata fondata dal Cardinale Federico Borromeo, che qui conservò la sua collezione privata di dipinti della scuola veneta e lombarda. Si segnalano la 'Madonna del Padiglione' di Botticelli, il cartone della 'Scuola di Atene' di Raffaello, il 'Musico' di Leonardo, il 'Canestro di frutta' del Caravaggio. Accanto a tali opere di fama internazionale, sono esposti dipinti dei fiamminghi Brughel e Brill, altre pitture di artisti locali e oggettistica di vario genere, tra cui una ciocca di capelli di Lucrezia Borgia. Attigua alla Pinacoteca è la Biblioteca, che conserva oltre quattrocentomila volumi e codici di valore inestimabile, tra cui il celebre Codice Atlantico di Leonardo da Vinci.

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