Le collezioni conservate nel Museo riguardano principalmente la fauna del Mediterraneo; di particolare interesse la raccolta di conchiglie del Mediterraneo ed esotiche, la collezione ornitologica e degli insetti. La raccolta più numerosa è la colelzione entomologica Ragusa, che comprende circa 25.000 esemplari di coleotteri e circa 1500 esemplari din lepidotteri.

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