Il Museo si trova, dal 1985, nel Palazzo Fava Ghisilardi risalente al Quattrocento. L'esposizione del Museo raccoglie opere a partire dal Seicento e appartenenti ad importanti collezioni. Tra queste si ricordano la raccolta Cospi, composta da curiosità ed oggetti esotici, la raccolta di armi di Luigi Ferdinando Marsili e il fondo Palagi di cui fa parte anche una croce laminata in oro di età longobarda. La parte più consistente del Museo è quella formata dal materiale del Medioevo che documenta la vita e l'arte di quell'epoca. Dagli oggetti risalenti al VII e IX secolo si arriva poi alla imponenente statua di Bonifacio VIII, realizzata da Manno Bandini nel Trecento, formata da un supporto ligneo ricoperto da rame dorato. La statua era dedicata al papa che si era particolarmente prodigato per portare la pace tra Bologna e Ferrara. Una serie di sepolcri testimoniano la pratica medievale di dedicare ai Dotti dello Studio questo tipo di monumenti. La tipologia più frequente è quella del dottore in cattedra e si possono osservare il sepolcro di Bonifacio Galuzzi e l'arca di Giovanni d'Andrea. Particolarmente rilevante è la raccolta di avori databili tra il XII e il XV secolo e di vetri di produzione muranese risalenti al Quattro e Cinquecento. I vetri, insieme ad alcune armi e oggetti, nonchè testimonianze quattrocentesche della scuola ferrarese, documentano il periodo della corte dei Bentivoglio. Importanti anche le sculture rinascimentali e barocche tra cui il modello per il Nettuno realizzato da Giambologna e il busto di Gregorio XV del Bernini. Un settore è dedicato all'arte bolognese della miniatura tra il Duecento e il Cinquecento, con libri liturgici, codici miniati e corali che offrono una piccola storia dell'illustrazione di libri.

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